COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 20.205672 20.205672 20.006254
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 20.042868
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 20.027458
2021-03-22 17:00:00 6.994802 20.205672 20.094142
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.156539
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.226821
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.363544

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 16.375795
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 16.501253
2021-03-23 17:00:00 12.344058 12.344058 16.423869
2021-03-22 17:00:00 21.990741 17.171190 16.655023
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 16.563349
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 16.506053
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 16.907996

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 19.112645
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 18.936030
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 19.152700
2021-03-22 17:00:00 11.111111 20.069204 19.019508
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 18.954201
2021-03-20 17:00:00 23.407643 18.471338 18.973062
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 18.775805

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 15.243902 12.355584 12.857376
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 12.596879
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 12.561204
2021-03-22 17:00:00 9.208973 12.482900 12.557744
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 12.607888
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 12.546306
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 12.492531

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 14.263351
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.616542
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 14.894793
2021-03-22 17:00:00 36.799327 15.124621 14.947127
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.213237
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.474019
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 15.895243

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 45.309464
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 44.576580
2021-03-23 17:00:00 42.706360 42.706360 44.599448
2021-03-22 17:00:00 68.699319 68.699319 45.519497
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 45.131905
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 44.769408
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 44.710577

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 19.382307
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 19.568735
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 19.799489
2021-03-22 17:00:00 29.347826 11.017410 20.070309
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 20.183648
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 20.487820
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 20.669175

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.390363
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.375458
2021-03-23 17:00:00 8.670117 7.078932 8.322750
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.712146 8.274416
2021-03-21 17:00:00 9.871717 8.512760 8.273851
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.282876
2021-03-19 17:00:00 10.769837 10.769837 8.263595

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.035779 14.109429
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 13.829337
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 13.661714
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.792952 13.331322
2021-03-21 17:00:00 17.949929 14.063657 13.113555
2021-03-20 17:00:00 16.630356 12.454611 12.897568
2021-03-19 17:00:00 15.288221 15.288221 12.803228

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 32.776058
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 32.718660
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 32.867493
2021-03-22 17:00:00 31.315085 32.714493 32.787112
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 32.795630
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 33.003854
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 33.310080

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 18.920751
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 19.443831
2021-03-23 17:00:00 15.237020 15.237020 19.458261
2021-03-22 17:00:00 31.812725 8.153846 19.825912
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 19.894844
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 20.155150
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 20.489175

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.320171
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 6.631503
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 6.703594
2021-03-22 17:00:00 9.729730 3.180212 6.637285
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 6.705370
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 7.093899
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 7.271285

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 27.074666
2021-03-24 17:00:00 9.660107 46.685879 29.232975
2021-03-23 17:00:00 7.884923 44.984802 32.013317
2021-03-22 17:00:00 0.024095 44.051447 34.669441
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 37.190366
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 40.158503
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 42.898063

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 56.084484
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 57.313387
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 56.621666
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 57.393767
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 57.917550
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 58.772895
2021-03-19 17:00:00 57.954545 57.954545 59.666297

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.155325
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 24.178106
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 23.929046
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.303998 23.639139
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 23.554074
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 23.330442
2021-03-19 17:00:00 28.270918 28.270918 23.441581

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 34.139690
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 33.382109
2021-03-23 17:00:00 21.181263 29.516630 32.888162
2021-03-22 17:00:00 39.867737 31.560480 32.435428
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 31.935331
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 31.498011
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 31.044091

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.313617 6.997822
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 6.791492
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.523832
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.242465 6.271038
2021-03-21 17:00:00 7.625650 7.625650 6.130246
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 5.943633
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 5.741722

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 13.695486 15.523372 13.631937
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 13.603671
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 13.547137
2021-03-22 17:00:00 14.942787 11.764706 13.448481
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.447688
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.403281
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.361771

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 13.897281 13.897281 12.448218
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.427019
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.456612
2021-03-22 17:00:00 17.319964 10.983717 12.416323
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.384382
2021-03-20 17:00:00 13.582801 13.582801 12.316455
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 12.223996

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.169960
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 19.320678
2021-03-23 17:00:00 14.910026 14.910026 19.303075
2021-03-22 17:00:00 52.205882 8.647990 18.780353
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 19.280269
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 19.536461
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 19.724756

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 18.394275
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 18.575816
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 18.095804
2021-03-22 17:00:00 39.694656 39.694656 18.570630
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 18.673821
2021-03-20 17:00:00 18.373494 18.373494 18.465315
2021-03-19 17:00:00 29.439252 29.439252 18.581323

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 31.365988
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 31.751239
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 31.666125
2021-03-22 17:00:00 22.546541 43.691105 32.299704
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 32.559491
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 32.185401
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 32.324754

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.790036 13.790036 16.375795
Basilicata 18.563923 18.563923 19.112645
Calabria 15.243902 12.355584 12.857376
Campania 14.241443 14.241443 14.263351
Emilia-Romagna 41.582965 41.582965 45.309464
Friuli Venezia Giulia 22.905332 22.905332 19.382307
Lazio 9.543048 9.543048 8.390363
Liguria 16.233980 18.035779 14.109429
Lombardia 35.668340 35.668340 32.776058
Marche 19.639469 19.639469 18.920751
Molise 3.312303 3.312303 6.320171
P.A. Bolzano 8.493490 8.493490 27.074666
P.A. Trento 67.816092 67.816092 56.084484
Piemonte 24.333239 24.333239 24.155325
Puglia 39.901865 39.901865 34.139690
Sardegna 7.104377 9.313617 6.997822
Sicilia 13.695486 15.523372 13.631937
Toscana 13.897281 13.897281 12.448218
Umbria 22.554890 22.554890 19.169960
Valle d'Aosta 20.748299 20.748299 18.394275
Veneto 27.203625 27.203625 31.365988

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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